MUTAMI est gérée par un Conseil d’Administration issu du vote des adhérents lors de l’Assemblée Générale. L’Assemblée Générale est souveraine, elle détermine les orientations d’action et de gestion de la mutuelle qui sont mises en œuvre par le Conseil d’Administration. Aujourd’hui, le Conseil d'Administration est présidé par Patrick JULOU.
MUTAMI est adhérente à la Fédération des Mutuelles de France (FMF) et à la Fédération Nationale de la Mutualité Française (FNMF). Elle participe aux orientations et aux décisions des deux fédérations nationales. Plusieurs de ces élus siègent au sein des Unions Régionales (Aquitaine, Midi-Pyrénées) et aux Unions Territoriales (Haute-Garonne, Hautes-Pyrénées, Lot, Tarn, Gironde, Pyrénées Atlantiques, etc) de la Mutualité Française.
